教廷樞機團已於本（2013）年3月13日順利選出羅馬天主教會第266任教宗方濟（Pope Francis）。馬英九總統獲悉後，已立即請我駐教廷大使館向新教宗表達祝賀之意。馬總統於賀電中除代表中華民國政府、人民以及我天主教會向新教宗表達誠摯賀忱外，並祝願新教宗政躬康泰，以宏遠睿智帶領普世教會及全人類共同致力促進世界和平、捍衛社會正義及謀求人類福祉。
　　馬總統在賀電中並強調，中華民國政府與人民一向重視人權、愛好和平、注重家庭倫理及維護宗教自由，在國際社會中除致力扮演「和平締造者」的角色外，也積極成為一個「人道援助的提供者」。馬總統表示，過去數年中，在全球各地災害發生之際，中華民國政府及人民積極投入相關國際人道救援事務，此與歷任教宗維護社會正義、促進世界和平、推廣國際救助工作的理念完全相合。
　　馬總統指出，他自幼即有機會參加臺北萬華西園路天主堂的禮拜活動，對天主教有相當程度的瞭解，2010年聖誕夜也前往高雄出席由單國璽樞機主教所主持的子夜彌撒並致詞；對於天主教來臺傳教150多年來，協助政府照顧弱勢民眾，對臺灣社會貢獻良多，馬總統十分感謝。
　　中華民國與教廷自1942年建交迄今，邁入第71個年頭，邦誼源遠流長，共享正義、和平及博愛等普世價值，並以成為教廷和平夥伴為榮。馬總統深信在新教宗的睿智領導下，國際社會將會賡續致力促進世界和平，兩國在宗教、學術、文化及和平慈善夥伴關係將持續深化，以期為全人類和平及福祉作出貢獻。